民国政府也正式答复，宣称“前此部定医学课程，专取西法，良以歧行不至，疑事无功，先其所急，致难兼采，初非有废弃中医之意也……除厘定中医学校科程一节暂从缓议外，其余各节应准分别筹办”，同时开始允准民间设立中医学校。
表面上中医似乎免于被消灭的危机，但实际上他们的表态仍不脱教育部门的思维，且一边允许民间设校传授中医，一边又拒绝制定正式的中医课纲规范和准许中医注册登记，形同让中医资格与地位处于灰色地带。
中医界因此不屈不挠地继续抗争，要求教育部得列入中医课程，但教育部门却当做没听见，而那些留学归来的西医还有一些文化界人士则是极力地反对。
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