宁远后，袁崇焕立刻起草奏疏，向远在京城的崇祯帝请罪。
在那封长长的奏疏中，袁崇焕详细地阐述了事情的来龙去脉。他诚恳地向崇祯帝汇报了前后发生的种种情况，并着重强调自己之所以会做出如此大胆且决绝的举动——不经请示而处死毛文龙，完全是出于整肃军政、稳固边防的考虑。
当这份奏疏快马加鞭送到京城时，崇祯帝展卷一读，不禁大吃一惊。然而，短暂的震惊过后，他很快就冷静下来，脑海中浮现出目前国家所面临的严峻形势以及自己对袁崇焕的倚重。经过一番深思熟虑，崇祯帝决定下达一道旨意。
在旨命中，崇祯帝先是严厉斥责毛文龙犯下诸多罪行，死有余辜；接着又对袁崇焕的果断行动表示赞赏和嘉奖，并且明确告知袁崇焕无需为此事请罪。就这样，一场看似可能引发轩然大波的风波暂时得以平息。
看到崇祯皇帝的反应，奉天殿内的气氛更加诡异了。
“这崇祯小子，居然认了？”蓝玉瞪大了眼睛，“他这皇帝当得也忒窝囊了！手下大将说杀另一个大将就杀了，他不但不追究，还夸奖？这……这简直是……”
“简直是自毁长城！”冯胜接话道，语气沉重，“即便毛文龙真有十二大罪，也该由朝廷明正典刑，方可安定军心，警示后人。如今被袁崇焕私下杀了，东江诸将岂能心服？朝廷威严何在？这崇祯皇帝，莫非真是个任人拿捏的傀儡不成？”由于天幕之前的信息，洪武君臣已先入为主地认为崇祯昏庸无能，此刻更觉得他软弱可欺。
耿炳文摇头叹息：“我看未必是窝囊。或是无奈之举。辽东危局，全仗袁崇焕勉力支撑，此刻若因杀毛之事问罪于他，辽东立马就要崩盘。这崇祯皇帝，怕是打落牙齿和血吞，强行忍下了这口气。”
朱元璋猛地一拍龙案，发出“砰”的一声巨响，吓了众人一跳。
“忍？他忍得了一时，忍得了一世吗？”朱元璋目光锐利如刀，仿佛能穿透时空，看到崇祯的内心，“咱是皇帝！咱太清楚皇帝心里想什么了！今日他迫于形势，忍了你袁崇焕擅杀大将、矫诏行事之罪，还得好言宽慰你，替你收拾烂摊子。但这根刺，已经狠狠扎进他心里了！”
老朱的声音带着一种洞悉人性黑暗面的冷酷：“今日你能杀毛文龙，来日是不是看哪个阁臣不顺眼，也能拔剑杀了？功高震主，权倾朝野，再加上这‘先斩后奏’的榜样……嘿嘿，崇祯小子现在用得上你，自然什么都好说。等哪一天，辽东局势稍有缓和，或者他找到了能替代你的人，今日杀毛文龙这笔账，必定会连本带利地算回来！这是刻在皇帝骨头里的东西，改不了！”
果然，天幕接下来的内容，印证了朱元璋最坏的猜想和徐达、李善长最深的忧虑。
毛文龙不幸离世后，东江镇局势急转直下，与朝廷之间的关系变得愈发紧张，离心离德之势犹如决堤之水，一发不可收拾。岛内兵变此起彼伏，乱局丛生，甚至发展到了令人瞠目结舌的程度——就连其继任者都心生畏惧，对登上这座岛屿望而却步！
更糟糕的是，毛文龙生前那些忠心耿耿的部将们，如孔有德、耿仲明以及尚可喜等人，因心中愤愤不平，率领着自己的部属投奔了后金政权。他们的到来对于后金而言无疑是天降甘霖，后金因此实力大增，如虎添翼。这些曾经明朝的将领摇身一变，成为了日后清朝开国时赫赫有名的三大藩王。
后金此番操作可谓是赚得盆满钵满，不仅轻而易举地获得了大批训练有素的军士，极大地充实了自身力量，更是成功铲除了一个令其寝食难安的心腹大患。
反观崇祯皇帝这边，当袁崇焕斩杀毛文龙之后，他竟然颁布了一道圣旨：“毛文龙长期盘踞于海上，肆意浪费军饷，虚报战功，屡次违抗朝廷命令，完全不接受节制……爱卿能够深思熟虑并迅速采取行动，揭露其罪行并依法惩处，此事关乎边疆地区的安全稳定，本就不应受朝中制度限制，爱卿无需为此自责请罪。”
然而，事情果真如那道圣旨所述般如此浅显直白吗？其背后难道没有潜藏着更为深邃复杂的权谋谋略以及诡谲莫测的政治阴谋吗？
倘若我们设身处地从崇祯帝的视角来审视此事，便不难理解，袁崇焕竟敢擅自越权斩杀毛文龙，此举毫无疑问是对身为九五之尊的崇祯皇帝权威的公然蔑视。可在彼时彼刻那般严峻的局势之下，崇祯又究竟能够如何处置袁崇焕呢？莫非当真要将袁崇焕处死以正国法吗？若真如此行事，那么还有何人能够挺身而出肩负起平定辽东之乱的重任呢？
于是乎，崇祯也只得强压心头怒火，暂且隐忍不发。实乃无奈之举啊！毕竟朝堂之上已然人才凋零，为了守护这偌大的大明江山社稷，崇祯选择了容忍。
只是此时此刻的崇祯定然未曾料到，自己的这份忍耐并未换得期望中的理想结局。-->>